Identification of MHC class I associated peptides. Development of sensitive mass spectrometric sequence analysis techniques

2.50
Hdl Handle:
http://hdl.handle.net/10029/258940
Title:
Identification of MHC class I associated peptides. Development of sensitive mass spectrometric sequence analysis techniques
Authors:
de Jong APJM; van der Heeft E; ten Hove GJ; van Gaans-van den Brink JAM; van Els CACM
Other Titles:
Identificatie van MHC klasse I geassocieerde antigeenpeptiden. Ontwikkeling van gevoelige massaspectrometrische sequentie analysetechnieken
Abstract:
Betreft de ontwikkeling van gevoelige microkolom HPLC-ESI/MS methoden en technieken voor de analyse van MHC klasse I geassocieerde antigeenpeptiden. De analyse bestaat uit de identificatie van T-cel stimulerende peptiden in MHC elutiemengsels van geinfecteerde celkweekculturen gevolgd door de bepaling van de aminozuurvolgorde (sequentie) van deze peptiden. Elutiemengsels van MHC moleculen kunnen zeer grote aantallen (tot 2000) verschillende peptiden bevatten met sterk wisselende samenstelling afhankelijk van te onderzoeken cellijnen of weefselmateriaal. Beschikbare hoeveelheden van individuele peptiden in dergelijke mengsels voor onderzoek liggen in de femtomol (10 exp. -10) tot picomol (10 exp. -12) range per miljard cellen. HPLC-ESI/MS wordt als de meest geschikte techniek beschouwd voor deze toepassing. In dit onderzoek is microkolom HPLC schakeltechniek ontwikkeld ; de condities zijn aangepast voor een optimale gevoeligheid in ESI-MS. De hiermee behaalde gevoeligheden liggen tussen 10 en 50 fmol voor identificatiedoeleinden (molecuulgewichtbepaling), afhankelijk van aard en soort peptide. Sequentie-analyses vergen circa tien keer grotere hoeveelheden (100-500 fmol/peptide). Dit komt overeen met de hoeveelheden antigeenpeptiden in middelgrote celkweken (10 exp. 10 cellen).<br>

The development of methods and techniques for the sensitive analysis of MHC class I associated peptides has been described. Analysis concerns the identification and sequence determination of specific T-cel stimulating antigenic peptides in complex mixtures derived from cell cultures. Such mixtures comprise a few hundreds to thousand different class I peptides present at femtomol (10 exp. -15) to picomol (10 exp. -12) level per billion cells. Liquid chromatography-electrospray ionisation mass spectrometry has emerged as the most appropriate technique for such analysis. For this purpose, a micro-column switching technique has been developed; conditions were optimised directed to large volume sample introduction, concentration and separation for their sensitive analysis at suitable ESI conditions. The sensitivity of the method for molecular weight determination (identification) range between 10 and 50 fmol for individual peptides. Sequence analysis required a ten-fold higher amount of peptide, but is sufficiently low for application to amounts that can be made available from medium size cell cultures of typically 10 exp. 10 cells.<br>
Affiliation:
LOC; LVM
Publisher:
Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu RIVM
Issue Date:
31-Mar-1996
Additional Links:
http://www.rivm.nl/bibliotheek/rapporten/343608001.html
Type:
Onderzoeksrapport
Language:
en
Sponsors:
RIVM
Appears in Collections:
RIVM official reports

Full metadata record

DC FieldValue Language
dc.contributor.authorde Jong APJM-
dc.contributor.authorvan der Heeft E-
dc.contributor.authorten Hove GJ-
dc.contributor.authorvan Gaans-van den Brink JAM-
dc.contributor.authorvan Els CACM-
dc.date.accessioned2017-02-20T07:11:23-
dc.date.issued1996-03-31-
dc.identifier343608001-
dc.description.abstractBetreft de ontwikkeling van gevoelige microkolom HPLC-ESI/MS methoden en technieken voor de analyse van MHC klasse I geassocieerde antigeenpeptiden. De analyse bestaat uit de identificatie van T-cel stimulerende peptiden in MHC elutiemengsels van geinfecteerde celkweekculturen gevolgd door de bepaling van de aminozuurvolgorde (sequentie) van deze peptiden. Elutiemengsels van MHC moleculen kunnen zeer grote aantallen (tot 2000) verschillende peptiden bevatten met sterk wisselende samenstelling afhankelijk van te onderzoeken cellijnen of weefselmateriaal. Beschikbare hoeveelheden van individuele peptiden in dergelijke mengsels voor onderzoek liggen in de femtomol (10 exp. -10) tot picomol (10 exp. -12) range per miljard cellen. HPLC-ESI/MS wordt als de meest geschikte techniek beschouwd voor deze toepassing. In dit onderzoek is microkolom HPLC schakeltechniek ontwikkeld ; de condities zijn aangepast voor een optimale gevoeligheid in ESI-MS. De hiermee behaalde gevoeligheden liggen tussen 10 en 50 fmol voor identificatiedoeleinden (molecuulgewichtbepaling), afhankelijk van aard en soort peptide. Sequentie-analyses vergen circa tien keer grotere hoeveelheden (100-500 fmol/peptide). Dit komt overeen met de hoeveelheden antigeenpeptiden in middelgrote celkweken (10 exp. 10 cellen).<br>nl
dc.description.abstractThe development of methods and techniques for the sensitive analysis of MHC class I associated peptides has been described. Analysis concerns the identification and sequence determination of specific T-cel stimulating antigenic peptides in complex mixtures derived from cell cultures. Such mixtures comprise a few hundreds to thousand different class I peptides present at femtomol (10 exp. -15) to picomol (10 exp. -12) level per billion cells. Liquid chromatography-electrospray ionisation mass spectrometry has emerged as the most appropriate technique for such analysis. For this purpose, a micro-column switching technique has been developed; conditions were optimised directed to large volume sample introduction, concentration and separation for their sensitive analysis at suitable ESI conditions. The sensitivity of the method for molecular weight determination (identification) range between 10 and 50 fmol for individual peptides. Sequence analysis required a ten-fold higher amount of peptide, but is sufficiently low for application to amounts that can be made available from medium size cell cultures of typically 10 exp. 10 cells.<br>en
dc.description.sponsorshipRIVM-
dc.format.extent22 p-
dc.language.isoen-
dc.publisherRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu RIVM-
dc.relation.ispartofRIVM Rapport 343608001-
dc.relation.urlhttp://www.rivm.nl/bibliotheek/rapporten/343608001.html-
dc.subject10nl
dc.subjectanalysemethodenl
dc.subjectspectrometrienl
dc.subjecttechniekennl
dc.subjectmassaspectrometrienl
dc.subjectpeptidennl
dc.subjectanalytical methodsen
dc.subjectspectrometryen
dc.subjecttechniquesen
dc.subjecthplcen
dc.subjectmass spectrometryen
dc.subjectmhcen
dc.subjectpeptidesen
dc.titleIdentification of MHC class I associated peptides. Development of sensitive mass spectrometric sequence analysis techniquesen
dc.title.alternativeIdentificatie van MHC klasse I geassocieerde antigeenpeptiden. Ontwikkeling van gevoelige massaspectrometrische sequentie analysetechniekennl
dc.typeOnderzoeksrapport-
dc.contributor.departmentLOC-
dc.contributor.departmentLVM-
dc.date.updated2017-02-20T06:11:23Z-
All Items in WARP are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.