De ontwikkeling naar mega-veehouderijen kan ertoe leiden dat infectieziekten die van dier op mens overdraagbaar zijn (zoonosen), meer gaan voorkomen. Deze bedreiging is te verminderen wanneer aan de schaalvergroting extra voorwaarden worden gesteld. Hierbij moet men denken aan voldoende afstand tussen bedrijven, geen combinatie van varkens en kippen op een locatie en een minimaal gebruik van antibiotica. Het stalontwerp en de bedrijfsvoering moeten gericht zijn op een zo klein mogelijk risico op introductie en verspreiding van (voor antibioticum ongevoelige) micro-organismen. Gesloten bedrijven, die zoveel mogelijk van start tot slacht op een locatie werken, kunnen verspreiding van infectieziekten voorkomen.