Assessing antibiotic resistance of microbial plant protection products using whole genome sequencing

Abstract

Recommendation for evaluating the antimicrobial resistance of microbiological plant protection products. Plant protection products safeguard plants against pathogenic organisms, such as fungi and insects. In recent years, plant protection products that contain micro-organisms have become increasingly common. These products contain viruses and bacteria that kill pathogens in plants, but are not harmful to humans. Plant protection products undergo extensive testing to ensure that they are safe for humans, animals and the environment. RIVM has now drafted a recommendation for the agencies that evaluate the safety of microbiological plant protection products. One aspect for consideration when evaluating products that contain bacteria is whether those bacteria are resistant to antibiotics. ‘Resistant’ means that a bacterium does not respond to antibiotics, making them less effective. In some cases, this resistance can be transferred to other types of bacteria. When it is transferred to bacteria that cause illness in humans, it becomes harder to treat that illness using antibiotics. For this reason, there is a ban on the use in plant protection products of bacteria that are capable of transferring antimicrobial resistance to other kinds of bacteria. The recommendation describes how extensive DNA analyses (whole genome sequencing) can be used to determine whether bacteria intended for use in plant protection products are resistant to antibiotics. It also sets out how to determine whether this resistance can be transferred to other types of bacteria.

Gewasbeschermingsmiddelen beschermen planten tegen organismen waar ze ziek van kunnen worden, zoals schimmels en insecten. De laatste jaren worden steeds meer gewasbeschermingsmiddelen gebruikt waar micro-organismen in zitten. Dit kunnen zowel virussen als bacteriën zijn die ziekmakers van planten doden maar niet schadelijk zijn voor mensen. Om te zorgen dat gewasbeschermingsmiddelen veilig zijn voor mens, dier en milieu worden ze uitgebreid getest. Het RIVM heeft nu een aanbeveling geschreven voor instanties die de veiligheid van microbiologische gewasbeschermingsmiddelen beoordelen. In de beoordeling van middelen met bacteriën wordt onder andere onderzocht of deze resistent zijn tegen antibiotica. Resistentie betekent dat een bacterie ongevoelig is voor antibiotica waardoor die minder goed werken. Deze resistentie kan soms worden overgedragen op andere bacteriesoorten. Als dat gebeurt naar bacteriën waar mensen ziek van kunnen worden, kan die ziekte minder goed worden behandeld met antibiotica. Daarom mogen bacteriën die de resistente eigenschap tegen antibiotica kunnen overdragen op andere soorten bacteriën, niet als gewasbeschermingsmiddel worden gebruikt. De aanbeveling beschrijft hoe met uitgebreide DNA(deoxyribonucleic acid)-analyses (Whole Genome Sequencing) kan worden onderzocht of bacteriën die bedoeld zijn om als gewasbeschermingsmiddelen te worden gebruikt, resistent zijn tegen antibiotica. Daarnaast wordt beschreven hoe kan worden onderzocht of die resistentie kan worden overgedragen op andere bacteriesoorten.